（一）办公室。负责机关日常运转工作，承担文电、会务、机要、信息、保密、安全、档案、外事、政务公开、信访维稳等工作。承担机关财务管理、资产管理、联络接待、综合协调、新闻发布、督察督办等工作。

（二）法规科。负责有关规范性文件的合法性审查、行政复议和行政应诉等相关工作。负责统筹协调和监督指导全市交通运输综合行政执法工作，指导督办重大案件查处和跨区域执法的组织协调工作。承担交通运输行业信用体系建设工作。

（三）综合规划科。组织编制综合交通运输体系规划，承担有关协调工作。组织起草公路、水路行业发展战略和规划，组织编制有关计划。协调指导综合交通运输枢纽规划，参与拟订物流业发展战路和规划。承担有关规划和建设项目前期立项审查及后期评价工作。提出市有关专项资金投资政策和资金安排建议并监督实施。承担有关交通运输环境保护、节能减排、利用外资和招商引资工作。承担交通运输统计工作，发布有关信息。承担公路、水路对外合作有关工作。承担市级交通运输体制改革有关工作。

（四）财务审计科。拟订行业财务会计规章制度。拟订公路、水路有关规费政策并监督实施。承担财务管理、会计核算、引资、融资、专项资金管理、预决算、政府采购、外汇、信贷等有关工作。指导监督所属单位和交通运输系统财务工作和国有资产管理工作。组织拟订行业内部审计规章制度和管理办法并监督实施。开展内部审计工作。督促落实审计发现问题的整改工作。指导交通行业审计工作。

（五）建设管理科。拟订全市交通基础设施建设相关政策、制度并监督实施。承担交通基础设施建设市场管理工作。指导交通基础设施建设和工程质量监督管理工作。参与审查交通重点工程可行性研究报告。承担规定权限内公路和水运工程初步设计、施工图设计、变更设计审批。承担规定权限内交通重点工程、大修工程建设监督管理、工程招标、施工许可、工程质量监督检查、工程造价和竣工验收工作。

（六）公路科。拟订全市公路路政、养护、运营、管理等相关政策、制度并监督实施。指导监督全市公路养护管理工作。承担全市国省干线公路行政管理工作。承担全市公路路网运行监测和协调工作。指导农村公路建设及管理工作。

（七）运输科。拟订综合运输基本公共服务标准、道路运输和水路运输相关政策、制度并监督实施。承担综合运输协调与衔接工作。负责全市道路运输、水路运输行业管理。承担组织协调国家、省市重点物资运输和紧急客货运输工作。指导交通枢纽运营管理。承担城市公共交通、城市轨道交通运营、出租汽车、汽车租赁等工作。按规定负责物流市场有关管理工作。承担汽车出入境运输、国境河流运输工作。承担协调民航运输发展、运营管理及市场监管等工作。

（八）港口航道科。拟订全市航道养护、航政、港政相关政策、制度并监督实施。承担全市除镜泊湖区域外航道行政管理及水路基础设施养护管理工作。承担全市除镜泊湖区域外港口行政管理工作。

（九）安全监督科。拟订公路、水路安全生产政策和应急预案并监督实施。指导有关公路、水路行业安全生产和应急体系建设。承担公路、水路运输行业安全生产监督管理具体工作。承担公路、水路重点工程建设安全生产监督管理具体工作。承担公路、水路行业应急组织协调工作。组织或参与有关公路、水路行业安全生产事故调查处理工作。承担公路水运工程施工单位主要负责人和管理人员安全生产知识、管理能力考核工作。

（十）行政审批科。负责规定权限内行政许可工作。承担市本级行政许可事项的协调和督办等相关工作。负责交通运输系统政务服务工作。承担行政许可事项“流程再造”、“最多跑一次”等相关工作。

（十一）科技教育科。拟定公路、水路行业科技、教育、信息化、网络安全相关政策、中长期发展规划和年度计划并监督实施。组织有关重大科技项目研究、推广应用。承担开展交通对外科技合作和交流工作。承担有关标准、质量和计量工作。承担涉及综合交通运输体系的标准协调工作。统筹调协网络安全管理工作。承担行业信息化建设和信息资源开发利用管理工作。

（十二）交通战备科。组织拟订国防边防公路、水路的中长期发展规划和年度计划。承担战备公路、水路建设和维护组织实施工作。承担公路、水路交通战备物资的储备、调拨等工作。承担军地沟通协调、国防动员等有关工作。

（十三）铁路民航科。承担全市铁路、民航具体项目建设的项目生成、方案研究、相关报批、资金筹措、工程建设、竣工验收等工作。规定权限内初步设计报批。

（十四）人事科。承担机关和所属单位的干部人事、机构编制、劳动工资、人才队伍建设等工作。负责离退休干部工作。

机关党的机构。负责机关和所属单位的党群工作。